Выпускная квалификационная работа “Определение генетических отклонений методами генной статистики”
Автор (ы)
Аффилиация
Научный руководитель
Аннотация
Актуальность темы исследования: В настоящее время анализ генетических цепочек является главной задачей биоинформатики. Это обуславливается тем, что объем баз данных первичных генетических последовательностей ДНК, РНК и белков растёт экспоненциально, а реализации широко применяемых алгоритмов глобального выравнивания Нидлмана-Вунша и локального выравнивания Смита-Ватермана являются либо недостаточно точными, либо дорогостоящими.
Цель работы состоит в создании системы поиска незакономерных подпоследовательностей генетических цепочек. Система должна основываться на алгоритме, наиболее пригодном для выравнивания последовательности в произвольное положение другой.
Для достижения поставленной цели были сформированы следующие задачи:
- изучить строение генома;
- рассмотреть алгоритмы селекции;
- провести сравнительный анализ изученных алгоритмов;
- реализовать алгоритм, эффективный по времени;
- провести тестирование и проверку корректности алгоритма;
- создать систему поиска, использующую разработанный алгоритм.
Объект исследования: Методы генной статистики.
Предмет исследования: Скорость работы методов генной статистики.
Метод исследование: сбор информации из литературы, анализ, обобщение, разработка, построение и испытание системы.
По результатам сравнительного анализа алгоритмов Нидлмана-Вунша и Смита-Ватермана было выявлено, что они имеют одинаковую ресурсоемкость по памяти и времени. Алгоритм Смита-Ватермана применяется для выравнивания сегмента последовательности в произвольное положение другой в отличие от алгоритма Нидлмана-Вунша, который осуществляет выравнивание по всей длине.
Вывод. Алгоритм Смита-Ватермана является наиболее эффективным алгоритмом для определения генетических отклонений в некотором отрезке генома. Программная реализация данного алгоритма стала составляющей разработанной системы поиска оптимального выравнивания.
Содержание работы
Конкурс, в котором автор работы принял участие:
Отрасль наук
Форма представления работы
Дата публикации работы: 31.07.2020
Смотреть похожие работы
Испытательная лаборатория – это значимая часть инфраструктуры любого предприятия. В процессе проведения испытаний испытательная лаборатория должна гарантировать беспристрастность при работе с заявителем, независимость в принятии решений, обладать непри …
Цель работы: разработка проекта автомойки самообслуживания. Объектом исследования – услуги мойки автомобилей. Предметом исследования – автомойка самообслуживания в городе Санкт-Петербург. Гипотеза исследования: для автомойки самообслуживания в качеств …
Значки, медали и монеты всегда пользовались спросом. Эти художественные изделия, сделанные из металлов, указывали на определенные достижения человека в различных областях, а также на принадлежность к группе или организации. В настоящее время художестве …
Одна из широко известных областей керамики – керамическая плитка. Керамическую плитку в общем можно описать как обожжённое керамическое тело определенной (чаще квадратной или прямоугольной) формы. Плитка может быть глазурированной и неглазурированной. …